高等教育研究中心是2015年6月成立的教学科研系级单位，2018年5月开始隶属于新成立的人文社会科学学院。中心的定位是为南方科技大学“扎根中国大地办世界一流研究型大学”提供有关高等教育理论、政策、国内外大学发展经验的分析结果，为南方科技大学的创新型发展与深圳先行示范区建设、粤港澳大湾区建设、中国高等教育改革实践以及世界高等教育创新发展之间多层次多维度关系的研究做出贡献。

中心教师的研究领域主要集中在：高等教育评价（含教师评价、学生评价、大学评价），高等教育政策与治理，现代大学制度与大学改革，高等教育国际化（含“一带一路”国家的高等教育发展），高等教育发展与区域发展（深圳示范区、粤港澳大湾区），新型研究型大学发展，高等教育信息化（含在线教育），学习科学与智慧教育等。

中心建有“南科大研究”中心（筹）、粤港澳大湾区高等教育大数据研究中心、慕课中心三个研究平台。

中心创办了“世界一流研究型大学年度论坛”、“南科大研究”系列、“高等教育创新讲堂”、《高教纵横》内部刊物等系列平台，承担国家自然科学基金、全国教育科学规划等国家级、省市级的研究项目，已成为具有特色的高等教育创新研究的组织者和影响力辐射中心。在人才培养上，高教研究中心为全校学生提供通识教育课程，开发了“教育+X”系列课程；于2016年开始与香港大学教育学院联合培养高等教育学和教育技术学专业的博士；2021年7月代表学校申请并获批为教育部中外人文交流中心“高层次国际化人才培养创新实践基地”。

中心正在全球范围引进教师和博士后，为高等教育的理论深化与实践发展、为把南方科技大学建设成为具有代表性的新型研究型大学做出实质性贡献。

中心现任主任为讲席教授沈红。

截至到2022年8月，含各类人员在内，高教研究中心现有全职教职人员14人。