南方科技大学高等教育研究中心是2015年6月成立的教学科研单位,隶属于人文社会科学学院。本中心在教学上为全校学生开设社会科学类通识教育课程，与香港大学联合培养高等教育学专业的博士研究生，并代表学校申请获批为教育部中外人文交流中心“高层次国际化人才培养创新实践基地”；在研究上将南科大的改革创新实践与高等教育发展理论相结合，并试图归纳出新型研究型大学的发展模式和前进道路，为南科大的创新发展、深圳先行示范区建设、粤港澳大湾区建设、中国高等教育改革实践以及世界高等教育创新发展做出贡献；在社会服务上是深圳市教育局和南科大共建的“深圳高等教育发展研究基地”，是深圳教育学会高等教育学专业委员会理事长单位，为深圳高等教育的改革发展提供决策参考。

高等教育研究中心的研究领域主要包括高等教育政策、治理与评价，研究型大学和新型研究型大学，大学与城市和区域发展，高等工程教育，院校研究（南科大研究）等。本中心教师承担国家自然科学基金、国家哲学社会科学基金（教育学）和省市级研究项目，主办“世界一流研究型大学建设”年度论坛，设立了“南科大研究”系列和“高等教育创新讲堂”以及《高教纵横》内部刊物。中心持续吸引来自世界一流大学的学者和研究生到校任教和交流访问。

截止2024年5月，中心共有全职教师7人、高级研究学者1人、博士后2人、行政教辅4人，访问教授7人；另有联培博士生10人，访问研究生11人。

现任中心主任为沈红讲席教授。